海洋委員會海巡署（簡稱海巡署）是負責海域及海岸巡防之主管機關，隸屬於海洋委員會，負責巡防海岸、領海、鄰接區及專屬經濟海域等，並執行查緝走私貨物和毒品、犯罪逃亡、偷渡等治安事務，為執法與巡防救難工作的司法警察。署內人員編制，主要由警察、軍人、海關人員或其他公務人員組成（政風單位除外）。海巡署平常不負責軍事任務，惟作戰時期可依《國防法》第四條納入作戰序列。