1. 科學班之課程規劃依據「高級中等學校教育實驗辦法」以高中三年課程整體規劃，除普通高中基礎科學相關科目外，應修的學分數和教學方式由國立嘉義大學、國立中正大學及本校共同規劃。
2. 107學年入學生遵行現有學制採用三年制學程依據普通高級中學99課程中最低畢業學分數為160學分並採領域彈性設計科學專業領域科目。
3. 108學年起入學生遵行現有學制採用三年制學程依據普通高級中學108新課程中最低畢業學分數為150學分並採領域彈性設計科學專業領域科目。
4. 加強數理科目的學習，同時兼顧人文素養的陶冶。
5. 有關文史課程方面，另行配套設計。
6. 整個學程分下列二階段

第一階段（高一至高二）

為基礎學習過程，修讀普通高級中學基礎科學相關科目與人文及社會相關領域學分。以2年時間修畢普通高中的3年數理課程，其他學科於3年修畢。並得於就讀期間依資賦優異降低入學年齡縮短修業年限相關規定參加學科免修鑑定考試。

第二階段（高三）

為專業學習過程，邀請合作大學教授至高中授課或直接選修大學開設之相關科目學分。修畢該門學分由合作大學給予修課證明書。學生依其能力和興趣，修習大學程度的數理課程，並在合作大學教授的指導下，開始學習並參與科學研究。